Viranşehir kalıntıları bilim dünyasında ilk olarak 19. yüzyıldaki batılı seyyahların gezi anıları ve 20. yüzyılın başlarındaki bilim adamlarının araştırma raporları sayesinde tanınmaya başladı. Başlangıçta Viranşehir yerleşiminin Nora ya da Neroassos adıyla bilinen Helenistik dönem kalesi olduğu düşünüldü. Tarihi kaynaklar bu kalenin MÖ 320 yılında Orkynia savaşında Kapadokya kralı Eumenes’in Antigonos I Monoohtalmos (Tek Gözlü Antigonos) karşısında aldığı ağır yenilgi üzerine sığındığı yer olduğunu aktarmaktadır. Uzak geçmişe dayanan bu Nora ismi günümüz halk tasavurrunda ve bölgesel yayınlarda halen Viranşehir harabeleriyle bağdaştırılsa da, aksi bilimsel veriler nedeniyle bu şüpheli yer saptaması bilim dünyasında genel olarak kabul görmemiştir. Bununla beraber, Viranşehir harabelerinin tarihi kimliğinin tespitinde en akla yatkın gözüken buranın 6. yüzyıla tarihlenen Mokisos adlı bir Bizans kenti olduğu görüşüdür. 1930 yıllardan günümüze kadar konunun uzmanları arasında geçerliliğini koruyan bu sav Bizanslı vakanüvis Prokopios’un anlatımına dayanır. Yazar İmparator I. Iustinianos’un Kapadokya’daki Mokisos isimli yıkılmış bir phourion’u (kaleyi) bir kente ve metropolis’e (bölgesel başkent) dönüştürdüğünü aktarır ve kenti şöyle betimler:
Kapadokya'da, ovada Mokisos adında bir kale vardı, o kadar haraptı ki, kısmen yıkılmış, kısmen de yıkılma tehlikesi altındaydı. İmparator Iustinianos bunu tümüyle yıktırdı ve kalenin batısındaki dik, çok yüksek ve ulaşılması güç yere dev bir sur inşa ettirdi. Ayrıca çok sayıda kilise, imaret ve halka açık hamamlar ve kentin zenginliğini yansıtan başka yapılar inşa ettirdi. Mokisos daha sonra Metropolis mertebesine de yükseltildi ki Romalılar geniş bir bölgenin en önemli kentini böyle adlandırırlar. (Prokopios, 5.4.15–18).
Mokisos’la ilgili bir diğer tarihsel kaynak resmi Bizans Kilisesi’nin 553 yılında topladığı konsilin (kilise konseyi) resmi kayıtlarında karşımıza çıkar. Bu kilise belgelerinde Mokisos’a başkent olma hakkı verilmesinin yanında aynı zamanda isminin Iustinianopolis (Iustinianos’un kenti) yapıldığı söylenmektedir. Daha erken tarihli bir diğer konsil toplantısı kaydında kentin başkent statüsü almasıyla birlikte piskoposluk merkezi olduğu da belirtilerek Iustinianopolis’in Kapadokya II bölgesine ait olduğu ifade edilir. Bu nedenle, Bizans Kilisesi’nin Kapadokya II adlı idari bölgesinde yeni başpiskoposluğun kuruluşuyla birlikte aynı bölgenin resmi olarak 535 yılında ikiye bölünmüş olduğunu söyleyebiliriz. Böylece Kapadokya II bölgesinin kuzey ve batı eyaletleri Mokisos metropolitliğine bağlanmış ancak güney eyaleti Tyana (Kemerhisar, Niğde) piskoposunun kontrolü altında kalmıştır. Mokisos böylece Kapadokya III adıyla anılan ve Kızılırmak’ın güneyine uzanan yeni kilise idare bölgesinin metropolitliği, yani başkenti haline gelmiştir, ancak siyasi olarak Kapadokya II bölgesinin yetki sınırları içinde kalmaya devam etmiştir.
Iustiniapolis adı son olarak 692 yılındaki Kilise konsilinde kullanılmış ve daha sonra da tarihi kaynaklardan bir daha kullanılmamak üzere silinmiştir. Moksisos Kapadokya III Kilise yönetim bölgesinin başkenti olma statüsünü Bizans’ın yıkılmasına kadar korumuş ancak herhangi bir politik etki gösterememiştir, çünkü Tyana (Kemerhisa, Niğde) Kapadokya II bölgesinin mülki idare merkezi olmaya devam etmiştir.
Mokisos kentinin, 6. yüzyılın başlarından 7. yüzyılın başlarına kadar uzanan göreceli kısa bir ömrü olduğu düşünülmektedir. Kentin Hıristiyan nekropolisine de yayılması, evlerin yapımının tüm 6. yüzyıl boyunca devam ettiği açıkça göstermektedir. Yine de elimizdeki bugünkü verilerle 7. yüzyıl sonrasında bir kaç yüzyıla yayılan yoğun ve farklı yapım evreleri tespit etmek zordur. Uzmanlar bunun sebebinin kentin sadece göreceli kısa bir dönem boyunca iskan görmüş olmasıyla açıklamaktadır, ancak yine de yerleşimin tam olarak ne zaman terk kedildiğini ya da sona erdiğini söylemek zordur. Diğer taraftan önceki çalışmalarda elde edilen yüzey buluntuları kentin göreceli olarak erken bir dönemde (7. yüzyılın ortası ya da sonları) terk edildiğine ve sonradan tekrar iskan görmediğine işaret etmektedir. Kapadokya bölgesinin genel tarihi bağlamında ele alındığında “ekonomik ve sosyal hayattaki süreklilik ve kopuş” olgularına dair sorular sıklıkla sorulmaktadır, özellikle 7. yüzyıl ortalarından 9. yüzyıl sonlarına dek devam eden İslam Fetihleri aynı zamanda Bizans İmparatorluğunun İkonakırıcılık vb. gibi iç krizlerine de tekabül etmektedir. Acaba bu zorlu dönemde Kapadokya’da genelinde (tabi ki Moksios özelinde) yerleşimler tamamen terk edilmiş miydi yoksa günlük hayat bir şekilde de olsa devam etmiş miydi? Sadece derinlemesine bir arkeolojik inceleme ve geniş ölçekli bir kazı çalışması bu soruya cevap vermemize olanak verebilir.